O sistema mostra o que deveria existir. A prateleira mostra o que existe. Quando os dois não batem, o problema quase sempre está em um destes pontos.
Lançamentos atrasados ou errados
Nota de entrada lançada com quantidade errada, transferência não registrada, troca feita sem baixa. É a causa mais frequente e a mais fácil de corrigir com rotina.
Códigos parecidos
Em perfumaria e cosméticos há muitas versões de um mesmo produto: tamanhos, fragrâncias, cores. Vender um código no lugar de outro cria sobra de um e falta de outro.
Perdas não registradas
Avarias, vencidos, amostras e furtos que não passam pelo sistema aparecem só no inventário.
Contagem anterior mal feita
Se o último inventário errou, o sistema foi ajustado para um número errado e a diferença continua lá.
O que fazer
Inventário periódico com recontagem das divergências e um relatório que mostre onde estão as diferenças. Assim fica claro o que é erro de processo e o que é perda de verdade.